A origem da Uniso foi a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Sorocaba – FAFI, criada como Faculdade Municipal, em 1951, mas que só começou a funcionar quando o Bispado de Sorocaba aceitou administrá-la, em 1954, com os dois primeiros cursos: Pedagogia e Letras Neolatinas.

No ano seguinte, três novos cursos: Filosofia, Geografia e História. Começo humilde e, paradoxalmente, brilhante para a época, com professores vindos de São Paulo e do exterior, e cursos de tempo integral, manhã e tarde.

De 1958 a 1968, graças a um convênio, o ensino foi gratuito, com professores e funcionários pagos pela Secretaria da Educação do Estado. Em 1967, foi criada a Faculdade de Ciências Contábeis e Administrativas de Sorocaba – FACCAS.

Nas décadas de 60 e 70, também surgiram os primeiros cursos de extensão nas áreas de Letras, Ciências Sociais e Educação.